Deep Agents CLI 将数据存储在两个目录结构中：
~/.deepagents/ — Deep Agents 专用数据（智能体记忆、技能、会话）~/.agents/ — 工具无关数据（跨 AI CLI 工具共享的技能）
目录结构
~/.deepagents/
├── sessions.db # 用于对话检查点的 SQLite 数据库
├── history.jsonl # 命令输入历史记录
└── {agent}/ # 每个智能体的目录（默认："agent"）
├── AGENTS.md # 用户对智能体指令的自定义
├── skills/ # 用户级技能
│ └── {skill-name}/
│ └── SKILL.md
└── agents/ # 自定义子智能体定义
└── {subagent-name}/
└── AGENTS.md
~/.agents/ # 工具无关的别名（跨 AI CLI 共享）
└── skills/ # 任何兼容工具可用的技能
└── {skill-name}/
└── SKILL.md
{project}/ # 项目级（在 git 仓库根目录）
├── AGENTS.md # 项目指令（根目录级）
└── .deepagents/
│ ├── AGENTS.md # 项目指令（首选位置）
│ ├── skills/ # 项目特定技能
│ │ └── {skill-name}/
│ │ └── SKILL.md
│ └── agents/ # 项目特定子智能体
│ └── {subagent-name}/
│ └── AGENTS.md
└── .agents/ # 工具无关的项目技能
└── skills/
└── {skill-name}/
└── SKILL.md
数据存储位置
| 数据 | 位置 | 读/写 | 备注 |
|---|
| 会话 | ~/.deepagents/sessions.db | 读/写 | SQLite 检查点数据库 |
| 输入历史 | ~/.deepagents/history.jsonl | 读/写 | JSON 行格式，上下箭头键调用 |
| 基础指令 | 包内 default_agent_prompt.md | 只读 | 不可变，随 CLI 升级更新 |
| 用户自定义 | ~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md | 读/写 | 附加到基础指令之后 |
| 项目指令 | .deepagents/AGENTS.md 或 AGENTS.md | 只读 | 两者都存在时都会加载 |
| 用户技能 | ~/.deepagents/{agent}/skills/ | 读/写 | 智能体特定技能 |
| 共享技能 | ~/.agents/skills/ | 只读 | 工具无关，跨 CLI |
| 项目技能 | .deepagents/skills/ 或 .agents/skills/ | 只读 | 项目作用域 |
| 自定义子智能体 | ~/.deepagents/{agent}/agents/ | 读/写 | 用户定义的子智能体 |
| 项目子智能体 | .deepagents/agents/ | 只读 | 项目定义的子智能体 |
优先级规则
当同一项目存在于多个位置时，优先级更高的完全覆盖（不合并）。
优先级顺序（从低到高）：
~/.deepagents/{agent}/skills/ — 用户 deepagents~/.agents/skills/ — 用户工具无关.deepagents/skills/ — 项目 deepagents.agents/skills/ — 项目工具无关 (最高)
子智能体
优先级顺序（从低到高）：
~/.deepagents/{agent}/agents/ — 用户级.deepagents/agents/ — 项目级 (最高)
每个子智能体都是一个包含 YAML 前置元数据（name、description，可选的 model）和用于系统提示的 Markdown 正文的 AGENTS.md 文件。完整格式参考请参见自定义子智能体。
所有指令来源会被合并（不会被覆盖）：
- 包基础提示 (始终加载)
~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md (附加).deepagents/AGENTS.md (附加)- 项目根目录的
AGENTS.md (附加)
.deepagents 与 .agents 对比
| 目录 | 用途 | 何时使用 |
|---|
.deepagents/ | Deep Agents CLI 专用 | 使用 CLI 特定功能的技能和配置 |
.agents/ | 工具无关 | 希望在不同 AI CLI 工具间共享的技能 |
对于适用于任何 AI 编程助手的技能，请使用 .agents/skills/。
对于依赖 Deep Agents 特定工具或约定的技能，请使用 .deepagents/skills/。
清理操作
| 需求 | 操作 |
|---|
| 重置所有数据 | rm -rf ~/.deepagents |
| 仅清除会话 | rm ~/.deepagents/sessions.db |
| 清除输入历史 | rm ~/.deepagents/history.jsonl |
| 重置智能体指令 | deepagents reset --agent {name} |
| 移除一个技能 | rm -rf ~/.deepagents/{agent}/skills/{skill-name} |
删除 ~/.deepagents/sessions.db 将移除所有对话历史和检查点。
此操作不可撤销。
